关于劳动合同和违约金的问题探讨

事情是这样：2012年6月在某公司应聘成功后开始实习，实习期三个月。在培训一个月之后，公司要求我们签订劳动合同，合同一式两份，均未加盖公司公章。合同规定薪资实习期每月2000，转正后2500，合同期限为三年，公司缴纳五险一金（实习期也有）。由于第一次工作，没有做太多的考虑，便签订了，合同上没有约定违约金金额。之后向公司索要我们的.合同，公司不给。

我们在7月底被分配到分公司工作，至今工资还是由总公司（也就是签订合同对象）发放。现实习期满，总公司要求工资全部由分公司发放，而且按照当地工资水平制定。

我们向总公司人事询问，人事依旧不给合同，而且说十月以后我们需要跟分公司重新签订合同，谈薪资。

现在我想辞职，但是担心违约金金额。请问违约金应该怎么算？与总公司签订的合同是否有效？现在应该怎么办？

请专业人士或者有经验的朋友们帮帮忙。谢谢！

对了，我们可以打印每个月的工资单作为雇佣关系的证明。