「求助」关于劳动合同中的违约保证金

我在07年6月跟深圳一家私营企业签订了一份劳动合同（5月份上班），职位软件工程师，约定服务年限是3年。
在合同的第十三条约定
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（三）双方认定需要约定的其他事项：合同期内，每月发放工资的80%,预留20%作为违约保证金，累计到10000元，停止预留。乙方违约，则扣留违约保证金的，并应缴交差额部分。甲方违约，则归还乙方违约保证金（连本带息，按活期利率计算）。
（四）其它约定，合同期满，违约保证金则一次性归还乙方。
另外在劳动合同里没有（也就是我）约定了乙方解除合同的`条款，只有甲方。


跟公司也签了一份《保密协议》，其中有两个条款约定：
1.“甲方向乙方支付的报名费包含在乙方任职期间的工资报酬中而不单独列支；乙方认可，离职时甲方无需另外支付报名费。”
2.乙方如违反本协议(也就是保密协议)任一条款，乙方应当一次性向甲方支付违约金10000元，乙方同意甲方从其劳动报酬中直接扣除违约保证金，如乙方工资报酬不足以支付全额违约金，乙方承诺按照甲方规定期限向甲方补交违约保证金余额。
乙方的违约行为给甲方造成损失的，乙方应当赔偿甲方的损失。损失额根据直接损失和间接损失计算。违约金不能代替赔偿损失，但可以从损失额中抵扣。乙方同意甲方从其工资报酬中直接扣除损失补偿金，如乙方工资报酬不足以支付全额损失补偿金，乙方须按甲方规定期限向甲方补交余额。

当时找工作心切以及没有多少社会经验，草草的把这两份行政递过来的合同协议都签了。进了公司，内部做了简单的培训，快一年了感觉人挺没成就感的，老是做一些琐碎的事，学不到多少东西，工资也低。
1.现在工资每月被扣掉500元(合同约定的20%）,公司这样做合不合法？我该怎样维护自己的权益？
2.如果我以后在未满3年服务期限辞职，会不会要赔偿公司违约金10000元？是可以不赔还是可以减少呢？
谢谢！